조국 사태 이후 문재인 정권의 실정과 위선을 비판하는 데 앞장서온 ‘사회정의를 바라는 전국교수모임(정교모)’는 11월 25일 '검찰총장에 대한 직무배제, 수사방해를 위한 대통령과 장관의 역할 분담인가'라는 제목의 성명을 내고, 윤석열 검찰총장을 직무배제한 추미애 법무부 장관과 이 사태에 대해 침묵하고 있는 문재인 대통령을 비판했다. 이와 함께 정교모는 추미애 법무부 장관과 박은영 법무부 감찰담당관의 직권남용 혐의에 관하여 관할 검찰인 수원지검에 수사의뢰서를 제출하겠다고 밝혔다. 

정교모는 이 성명에서 “추 장관의 이번 조치에서는 정권을 향한 검찰의 수사, 특히 월성 원전 1호기 폐쇄 관련 수사를 방해하려는 의도가 엿보인다”고 지적했다. 정교모는 “월성 원전 1호기 폐쇄관련 수사를 진행 중인 검찰의 총수에 대해, 추미애 법무부 장관은 ‘정치인 총장이 정부를 흔들려고 편파·과잉 수사를 하고 있다’고 한 바 있다”고 상기시키면서 “이를 전후하여 벌어진 검찰총장의 특수활동비 집행 내역 감찰 및 검찰총장에 대한 대면감찰 강행 등이 사실상 수사방해를 노린 사전 포석이었음은 이번 사태로 드러났다”고 비판했다. 

정교모는 또 추미애 법무장관이 직무정지 명령 발동 요건으로 공식 발표한 여덟 가지 사유 속에 지난 라임-옵티머스 관련한 총장 지휘권 배제의 근거가 되었던 김봉현 발(發) 감찰 결과는 빠졌다고 지적하면서 "왜 빠졌는지 국민 앞에 설명해야 한다”고 요구했다. 이에 대해 정교모는 “스스로 부실 감찰, 근거없이 발동했던 수사지휘권이었음을 자백하는 것은 아닌가 소상히 밝혀야 한다”면서 “그렇지 않으면 추미애 법무장관은 직권남용죄를 면할 수 없다”고 꼬집었다. 그러면서 정교모는 “우리는 추미애 장관의 관할 검찰인 수원지검에서 추미애 장관과 박은영 법무부 감찰담당관의 직권남용 혐의에 관하여 수사에 착수하여 줄 것을 요청한다”고 밝혔다. 이호선 정교모 대표(국민대 교수)는 이와 관련, 기자와의 통화에서 "조만간 수원지검에 수사의뢰서를 제출하겠다"고 설명했다.

이와 함께 정교모는 이번 사태의 진행과정에서 문재인 대통령이 침묵하고 있는 데 대해서도 강력히 비판했다. 정교모는 “검찰총장 임명권자이자 헌법의 수호자로서 역할을 해야 할 문재인 대통령의 침묵과 책임 회피적 태도에 대하여 주목한다”면서 “헌법에 명기된 기관이 정면충돌하는 이 상황에 이른데는 대통령의 책임이 크다. 그간 애매한 침묵으로 일관했지만, 지금은 국민 앞에 명확한 태도를 보여야 한다”고 요구했다. 

정교모는 “대통령은 윤석열 검찰총장에 대한 법무부 장관의 감찰과 직무정지명령이 타당하다고 생각한다면, 임면권을 발동하여 징계위원회의 결정이 있기 전에 검찰총장을 해임하여야 한다”면서 “아마도 대통령은 징계위원회의 의결에 핑계를 댈 때까지 기다리며 시간을 끌 수도 있겠지만, 그것은 헌법의 수호자로서의 책임을 다하는 것이 아니다. 명백한 직무유기이다”라고 지적했다. 정교모는 “검찰총장에게 해임 사유가 있다면 즉시 해임하라! 그리고 법무부 장관이 그 권한을 남용한 것이라면 법무부 장관을 해임해야 한다”고 주문했다. 

 정교모는 “문재인 대통령은 스스로의 결단 하에 검찰총장을 해임하던가, 장관에게 책임을 묻기 바란다"면서 "그렇지 않으면 추미애 법무장관은 윤석열 검찰총장에게 직무정지명령을 내렸지만, 국민은 문재인 대통령에게 직무정지명령을 내릴 것”이라는 말로 성명을 마무리했다.